Eftersom Tomato Brown Rugose Fruit Virus infekterar tomat- och pepparväxter över hela världen, arbetar fröföretagen med att odla en resistent tomat.
Rika genetiska och genomiska resurser var tillgängliga för tomatuppfödare redan innan starten av tomatens genomiska sekvensprojekt. Stora samlingar av tomatkimplasm har länge etablerats på flera platser. Mer än 75,000 XNUMX tomattillträden finns bevarade i genebanker runt om i världen. En av de största är USDA genebank i Genève, NY.
Sekvensering av tomatgenomet inleddes 2005 som en multinationell insats mellan 14 länder och slutfördes 2012. Dessa ansträngningar har påskyndats kraftigt med tillämpning av artificiell intelligens, maskininlärning och avancerade algoritmer för att analysera stora mängder genetiska och fenotypiska data.
Tomatformsgenom
Forskare från Boyce Thompson Institute 2020 skapade ett högkvalitativt referensgenom för vilda tomater för att producera ett mer komplett och användbart tomatpansgenom. De upptäckte delar av genomet som ligger till grund för fruktsmak, storlek och mognad, stresstolerans och sjukdomsresistens. Delvis tack vare avancerad sekvenseringsteknik som kan läsa mycket långa bitar av DNA, referensgenomet är mer komplett och exakt än den befintliga databasen.
Äldre sekvenseringsteknik som läser kortare bitar av DNA identifierar mutationer på enbasnivå. De är dock inte bra på att hitta strukturella varianter som infogningar, raderingar, inversioner eller dubbleringar av stora bitar av DNA.
År 2019 konstruerade en internationell grupp forskare ett tomat-pan-genom med hjälp av genom-sekvenser från 725 fylogenetiskt och geografiskt representativa sorter. Denna databas innehåller 4,873 gener som inte finns i det ursprungliga referensgenomet. Nuvarande/frånvarande variationanalyser avslöjade avsevärd genförlust och intensivt negativt urval av gener och promotorer under tomtestämning och förbättring.
Läs hela artikeln på www.seedworld.com.